长江流域的生物多样性正面临着严重威胁。根据中国科学院水生生物研究所和上海市环境保护局等单位联合完成的《长江流域生态状况报告》,在过去50年间,长江流域已有13种鱼类灭绝,包括中华鲟、白鲟、达氏鲟、长江鲟、胭脂鱼、长江鲥鱼、长江鲟、长江刀鱼、白鲟、长江鲟、长江鲟、白鲟、长江鲥鱼、白鲟、长江鲟、长江鲥鱼。
在长江流域的人口密集区,由于农药和化肥的大量使用,导致水体富营养化加剧,破坏了原本稳定的生态系统,从而造成一些物种的消失。此外,水利工程建设也对生物多样性产生影响。